Rodinný automobil nikdy nemá dosť asistenčných systémov na ochranu pred nebezpečnými situáciami. Octavia si napríklad poradí s nasledujúcimi situáciami: pri odbočovaní doľava (pri ľavostrannom riadení) monitoruje protiidúcu premávku a v prípade nebezpečenstva vozidlo zastaví. Po zaparkovaní vozidla monitoruje priestor za vozidlom a varuje vás, ak pri otváraní dverí hrozí riziko nárazu do iného vozidla alebo cyklistu.

V prípade nehody chráni cestujúcich robustná karoséria s veľkorysými deformačnými zónami a až 10 airbagmi, ktoré poskytujú jemne vyladenú interakciu s trojbodovými automatickými bezpečnostnými pásmi a bezpečnostnými opierkami hlavy. K ďalším bezpečnostným prvkom patria moderné elektronické systémy určené na zmiernenie následkov nehody, ako napríklad multikolizné brzdenie a Crew Protect Assist vpredu a vzadu.

Octavia je vybavená systémom eCall, ktorý poskytuje informácie, ako je poloha vozidla, počet osôb vo vozidle, poloha vozidla pred nehodou a po nej a stav v prípade nehody. Možno ho kedykoľvek aktivovať aj manuálne prostredníctvom tlačidiel v strešnom module.

Euro NCAP udelilo Škode Octavia najvyššie možné hodnotenie päť hviezdičiek, čím potvrdilo, že vozidlo poskytuje optimálnu ochranu pre všetkých cestujúcich.

V kategórii Ochrana detských pasažierov získala Octavia 88 %. Tým sa Octavia umiestnila na najvyššej priečke spomedzi všetkých testovaných vozidiel. V kategórii Ochrana dospelých cestujúcich získala Octavia 92 %.